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INRA-MetaGenoPolis développe la métagénomique avec ParStream


Rédigé par Communiqué de Parstream le 4 Décembre 2013

Leader mondial de la métagénomique humaine, pionnier du « big data »



ParStream, éditeur d'une plateforme innovante et primée de « Big Data Analytics » et MetaGenoPolis, le démonstrateur pré-industriel de l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique), leader mondial dans le domaine de la métagénomique humaine, annoncent le choix de ParStream pour supporter une nouvelle génération d'outils informatiques de biotechnologie haut-débit.


L'INRA coordonne et héberge MetaGenoPolis, un dispositif unique en Europe au service de la communauté médicale, scientifique et industrielle. Sous la direction de Stanislav Dusko Ehrlich, expert mondial en microbiologie et pionnier de la métagénomique, l'équipe effectue des découvertes majeures et reconnues au niveau international. Ces recherches ouvrent la voie aux diagnostics précoces et à des thérapies nouvelles de nombreuses maladies telles que le diabète, l’obésité et plus généralement des maladies métaboliques associées à notre système digestif.

Elles étudient un « organe » méconnu : le microbiote intestinal, ces milliards de bactéries qui peuplent notre tube digestif.


L'étude du microbiote nécessite une investigation massive - des milliards de séquences d'ADN bactérien sont compulsées et associées. L'analyse des échantillons peut se faire selon deux points de vue complémentaires au sein de MetaGenoPolis : selon l'approche exploratoire globale de séquençage sur la plateforme d'analyse MetaQuant ou selon leurs propriétés biologiques en interaction avec l’hôte sur la plateforme d'analyse MetaFun. De ces plateformes découlent des milliards d'informations sur les bactéries associées aux humains mais aussi à d'autres environnements.


Cette approche dite "big data" de l'univers bactérien nécessite un outillage adapté et supporté par des matériels informatiques courants, standard et de grande série, en raison des volumes massifs de données. Essentiellement, ParStream – un produit Européen – est la seule solution logicielle qui peut tirer partie d'architectures hautement parallèles telles que les GPU en traitant l'information en mode compressé. Ceci permet des opérations avec une empreinte en ressources réduite et une grande efficacité énergétique.


« Nous avons besoin d'un outil qui puisse traiter techniquement ces volumes tout en nous laissant libres de nos choix matériels et de leur évolution » explique Jean-Michel Batto, leader technique pour MetaGenoPolis, ajoutant, « Nos traitements sont intensifs en calcul, donc le fait que ParStream puisse exploiter des architectures matérielles denses telles que les GPU a été déterminant. De plus, il était impératif que l'outil réponde aux standards, qu'il soit économe en ressources et qu’il nous permette de rester focalisés sur nos recherches ».


« Nous sommes très heureux d'être associés à cette équipe de très haut niveau » déclare Mike Hummel, CEO de ParStream, poursuivant, « Les capacités de notre plateforme vont permettre à la fois une simplification des traitements tout en améliorant les performances ». Peter Livaudais, Sr. Directeur Solutions ajoute « Cette application marque une tendance perceptible à la mise en place d'approches industrielles en ce qui concerne les innovations de type "big data"».





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