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Talend AU SERVICE DE LA RECHERCHE CONTRE LE CANCER


Rédigé par Talend le 18 Mars 2008

L’Institut d’ingénierie biomédicale d’UMIT s’appuie sur Talend Open Studio pour développer de nouvelles thérapies et rendre plus fiables les diagnostics



Talend, premier éditeur de logiciels d’intégration de données Open Source, annonce aujourd’hui que UMIT (University for Health Sciences, Medical Informatics and Technology), Université basée à Hall en Autriche, s’appuie sur Talend Open Studio pour alimenter un Data Warehouse partagé avec cinq autres organismes de recherche sur le cancer issus d’Allemagne et d’Autriche, permettant ainsi d'analyser d’importants volumes de données médicales et de procéder à des traitements statistiques à grande échelle.



Le cancer de la prostate représente le premier type de tumeur et la seconde cause de mortalité affectant les adultes masculins dans le monde. Partant de ce constat, UMIT a lancé avec cinq autres organismes de recherche un projet baptisé IMGuS (Institute for Medical Genome Research and Systems Biology), qui vise à identifier des signatures moléculaires permettant la classification des patients nécessitant un traitement contre ce type de cancer. Les analyses portent sur des jeux de données existants fournis par l’Université d’Urologie d’Innsbruck, qui sont collectés, analysés et préparés de manière systématique via Talend Open Studio pour alimenter les études moléculaires. Les résultats sont analysés à l’aide de méthodes statistiques et de Data Mining, dans le but de découvrir des signatures moléculaires permettant de développer de nouvelles thérapies et de rendre plus fiables les diagnostics. L’ensemble de ces données est intégré à un Data Warehouse développé et géré par l’Institut d’ingénierie biomédicale d’UMIT.



« Une grande partie de la recherche sur le cancer repose aujourd’hui sur des activités de traitement et d’analyse de données » explique Dr. Bernhard Tilg, Professeur et Membre du Conseil d’administration de l’Institut d’ingénierie biomédicale d’UMIT « L’intégration de données nous permet de combiner de multiples sources pour réaliser des analyses statistiques avancées couvrant l’ensemble de nos données. Du fait de l’énorme volume de données ainsi généré, une approche automatisée était impérative. »



UMIT a ainsi évalué les performances de plusieurs solutions Open Source et propriétaires d’intégration de données, et a choisi Talend Open Studio pour son ouverture, ses performances et sa flexibilité. La solution lui a en outre permis, au-delà de l’intégration de l’ensemble des sources de données, d’intégrer des approches spécifiques de traitement de données (par exemple, pour réaliser des prétraitements sur des données revêtant différents formats et issues d'équipements médicaux).



Les jeux de données sont traités en deux étapes : d’une part, différentes informations sont collectées (données patients, données médicales de référence, cartographie du génome, données administratives, etc.). D’autre part, Talend Open Studio assure le rapprochement, la transformation, le nettoyage et le chargement de ces données dans un Data Warehouse reposant sur PostgreSQL, puis intègre également des données de référence issues de fournisseurs externes (publications médicales, bases de données, etc.).



« Le support natif de XML et des Web Services assuré par Talend Open Studio apporte une valeur inestimable au projet. Parallèlement, la solution nous offre des fonctions de parsing et nous aide à croiser aisément différentes sources de données, tout en réduisant les délais d’enrichissement de notre Data Warehouse. Ce dernier est actualisé toutes les nuits pour garantir aux chercheurs l’utilisation des données les plus récentes, » explique Bernhard Pfeifer, Professeur à l’Institut d’ingénierie biomédicale d’UMIT. « UMIT s’appuie désormais sur Talend pour l’ensemble de ses projets d’intégration. Nous espérons que le projet IMGuS contribuera à la réduction des taux de mortalité liés au cancer de la prostate. Du fait de l’importance de l’intégration de données dans ce projet, Talend nous aide à sauver des vies ! »



« Nous sommes fiers de contribuer aux avancées européennes de la recherche contre le cancer aux côtés d'UMIT et de ses partenaires » déclare François Mero, Directeur général Europe, Moyen-Orient et Afrique chez Talend. « Au-delà de son aspect économique qui séduit les organismes de recherche confrontés à d’importantes contraintes budgétaires, Talend Open Studio offre une convivialité et une flexibilité permettant de s’adapter à toute problématique métier. Il prend en outre en charge d’importants volumes de données et grâce à la variété de ses connecteurs, peut intégrer quasiment toutes les sources de données. »




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